解析：

該條第一款系對《政府采購法》第五十二條及第五十四條的糅合。

該條第二款首次規(guī)定，采購人或代理機構(gòu)有權(quán)通過采購文件對質(zhì)疑提出限制性要求。即當采購文件有要求時，供應(yīng)商針對同一采購環(huán)節(jié)的質(zhì)疑應(yīng)當一次性提出。所謂采購環(huán)節(jié)，一般包括采購文件的編制與公告、供應(yīng)商資格審查、對供應(yīng)商的打分與評審、政府采購合同的簽訂與公告等。該條規(guī)定，其意圖在于提高質(zhì)疑答復效率，減少采購人及代理機構(gòu)的負擔，避免供應(yīng)商惡意重復質(zhì)疑的情形發(fā)生。

然而，該條規(guī)定在實際執(zhí)行中尚可能存在一些問題。首先，若供應(yīng)商違背第二款規(guī)定，對同一采購環(huán)節(jié)分次提出質(zhì)疑，則在供應(yīng)商分次提起投訴時，財政部門能否依據(jù)本辦法第十九條第二款第（一）項、第二十一條第（二）項及第二十九條第（一）項之規(guī)定，對其全部投訴不予受理或駁回，還是僅對其第一次提出的質(zhì)疑和投訴予以實體審查？其次，根據(jù)采購文件的規(guī)定否定供應(yīng)商的質(zhì)疑資格以及其進而獲得的投訴資格，是否存在下位法與上位法相抵觸的情況？最后，當前缺乏關(guān)于采購程序、采購環(huán)節(jié)的直接規(guī)范依據(jù)，易導致確定是否同一采購程序環(huán)節(jié)的標準不統(tǒng)一。要解決這些問題，仍有待進一步明確該條規(guī)定的內(nèi)容。

解析：

該條第一款系對《政府采購法》第五十一條的細化與完善。政府采購質(zhì)疑與投訴，主要是為了讓參與政府采購活動的供應(yīng)商有相關(guān)救濟渠道，而不是為任何供應(yīng)商提供舉報政府采購違法行為的途徑。因此，應(yīng)限制有權(quán)提出質(zhì)疑及進而提出投訴的供應(yīng)商的范圍。一般而言，公告采購文件的，任何供應(yīng)商對采購文件的內(nèi)容都有權(quán)質(zhì)疑；采購文件未公告的部分，只有購買了采購文件的供應(yīng)商才有權(quán)質(zhì)疑；對采購過程及中標、成交結(jié)果提出質(zhì)疑的，只有遞交響應(yīng)文件的供應(yīng)商才有資格。

該條第二款系對《政府采購法》第五十二條及《政府采購法實施條例》（以下簡稱《條例》）第五十三條第（一）項的糅合。

解析：

該條首次對政府采購供應(yīng)商提出質(zhì)疑時的函件格式及內(nèi)容作了規(guī)范與要求，有利于供應(yīng)商有效提出質(zhì)疑及采購人、代理機構(gòu)有效答復質(zhì)疑。

解析：

該條系對《政府采購法》第五十三條的完善，并明確提出采購人、代理機構(gòu)無權(quán)拒收供應(yīng)商的質(zhì)疑函。結(jié)合本辦法第三十六條第（一）項的規(guī)定，采購人、代理機構(gòu)拒收供應(yīng)商合法質(zhì)疑函的，將面臨行政處罰，且直接負責的主管人員和其他直接責任人員可能面臨行政處分。

解析：

該條第一次從規(guī)章層面規(guī)定了采購人、代理機構(gòu)在對質(zhì)疑予以答復時可采取的協(xié)助措施，即可組織原評審委員會等協(xié)助其進行答復。

關(guān)于質(zhì)疑答復的協(xié)助舉措，此前，《政府采購法》及其實施條例中并無相關(guān)規(guī)定，僅在《財政部關(guān)于進一步規(guī)范政府采購評審工作有關(guān)問題的通知》（財庫〔2012〕69號）最后一部分明確，“參與政府采購活動的供應(yīng)商對評審過程或者結(jié)果提出質(zhì)疑的，采購人或采購代理機構(gòu)可以組織原評審委員會協(xié)助處理質(zhì)疑事項，并依據(jù)評審委員會出具的意見進行答復”。本條規(guī)定系對前述內(nèi)容的完善，并將評審委員會在質(zhì)疑答復中的作用明確定位為對采購人或代理機構(gòu)的協(xié)助，而非實際作出決定性意見的組織。

解析：

該條首次對質(zhì)疑答復的格式及內(nèi)容作出規(guī)范與要求，有利于在全國范圍內(nèi)實現(xiàn)質(zhì)疑答復形式的統(tǒng)一，亦有利于后續(xù)投訴的受理與處理。

解析：

該條首次對質(zhì)疑答復的類型和方式進行了明確，與投訴處理的類型和方式存在一定的類似性。

與本辦法關(guān)于投訴處理規(guī)定的變化一樣，在質(zhì)疑答復中，第一次明確引入了“順序中標”概念。即若因中標、成交供應(yīng)商自身的問題導致中標無效的話，為提高政府采購效率、避免程序空轉(zhuǎn)，可以在其他合格供應(yīng)商中按照評審或打分排序另行確定中標、成交供應(yīng)商，而無需徹底推翻已完成的整個采購活動，重新再走一遍采購流程。

當然，由于是首次規(guī)定，本條在內(nèi)容上尚有可完善之處。如《條例》第七十一條關(guān)于順序中標有著比較嚴格的適用條件，即中標供應(yīng)商拒絕簽訂政府采購合同時，才可從合格的中標或者成交候選人中另行確定中標或者成交供應(yīng)商；沒有合格的中標或者成交候選人的，重新開展政府采購活動。此前，實務(wù)中也存在質(zhì)疑投訴成立后，原中標供應(yīng)商中標結(jié)果無效、按照順序另行確定中標人的做法，但該做法缺乏法律依據(jù)，《政府采購法》《條例》等法律法規(guī)中均無此規(guī)定。94號令將這一做法上升為規(guī)章，不過，在某些特定情形中，是否會與上位法相抵觸？又如，94號令未規(guī)定，若被質(zhì)疑的是采購過程中具有共性的、對所有供應(yīng)商都產(chǎn)生影響的違法問題，則是否仍可采取“順序中標”的原則確定中標或者成交供應(yīng)商？此時，是否重新開展采購活動才更為妥當？這些仍有待進一步明確。